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Non è detto che vi sia sempre un allele dominante e uno recessivo; in alcuni casi vi può essere una contemporanea azione di entrambi gli alleli, che determinano un fenotipo intermedio rispetto a quello che determinerebbero se agissero da soli. Tale fenomeno prende il nome di codominanza. La pianta della bella di notte Mirabilis jalapa, ad esempio, può avere fiori rossi, bianchi o rosa. Le piante con fiori rossi hanno due copie dell'allele R per il colore rosso dei fiori e sono, quindi, omozigoti RR. Le piante con fiori bianchi hanno due copie dell'allele r per il colore bianco dei fiori e sono, quindi, omozigoti rr. Le piante con una copia di ciascun allele, cioè gli eterozigoti Rr, hanno fenotipo rosa, intermedio tra i colori prodotti dai due alleli.
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