Tutti i vertebrati si sviluppano passando attraverso stadi embrionali simili. Ai lati della notocorda flessibile, struttura da cui prende nome l'intero phylum dei cordati e che nella maggior parte dei casi viene presto sostituita dalla colonna vertebrale, si formano blocchi di tessuti, chiamati somiti, destinati a trasformarsi in muscoli, vertebre e tessuto connettivo. Dorsalmente alla notocorda si estende il tubo neurale cavo. Inoltre, a memoria dell'antenato comune a tutti i vertebrati, si evidenzia a un certo punto una serie di fessure branchiali che, negli organismi non acquatici, scompare poco dopo.