Le maree, i venti e il moto ondoso degli oceani contribuiscono a creare condizioni diverse nelle acque degli estuari, che quindi vengono classificati in tre tipi. Quelli a cuneo di acqua salata, come il delta del Mississippi, si formano se la corrente del fiume supera quella di marea. Quelli detti a mescolanza parziale si ottengono se la corrente del fiume e quella di marea si eguagliano, come nella Chesapeake Bay. Dove infine il flusso di marea supera quello di acqua dolce, come nella baia di Fundy, la mescolanza è più uniforme e si crea un estuario verticalmente omogeneo.