Con il termine "struttura primaria" si indicano gli amminoacidi che formano una determinata proteina e la loro sequenza. Le caratteristiche chimico-fisiche di questa molecola, però, sono influenzate anche da come la sua struttura primaria si dispone nello spazio. Infatti, le interazioni tra i gruppi molecolari di una proteina fanno sì che la catena lineare di amminoacidi (a sinistra) si ripieghi in una struttura tridimensionale, come quella rappresentata al centro. Quest'ultima si può poi combinare con altre catene, a dare una proteina complessa (a destra).