Le molecole polari si formano quando un atomo fortemente elettronegativo (ossia dotato di forte tendenza ad attirare verso di sé gli elettroni di legame), come il cloro, si lega con un atomo di elettronegatività inferiore, come l'idrogeno. La molecola che ne risulta è di tipo polare, ovvero presenta un polo di carica negativa (l’atomo più elettronegativo, in prossimità del quale si sono concentrati gli elettroni di legame) e uno di carica positiva (l’altro atomo, rimasto sguarnito di elettroni). Fra le molecole polari del composto si instaura dunque una forza di tipo elettrostatico che porta le molecole ad allinearsi, poiché i poli di segno opposto si attraggono, mentre quelli di segno uguale si respingono. Le molecole polari che contengono idrogeno hanno una polarità molto forte e formano un legame particolare, detto “legame idrogeno”.