Antigene Qualunque sostanza che, venendo a contatto con un organismo, è in grado di stimolare in questo la produzione di anticorpi specifici e di scatenare una risposta del sistema immunitario.

In realtà, qualsiasi sostanza estranea a un organismo agisce da antigene. L'organismo riconosce la sostanza antigenica dalla presenza di particolari molecole, di natura perlopiù proteica, lipidica o glicoproteica (nel caso di carboidrati legati a proteine). Queste molecole si trovano anche sulla superficie di tutte le cellule; molecole proteiche formano il rivestimento dei virus. Per tale motivo, i batteri, i virus, le cellule di un tessuto trapiantato agiscono da antigene nei confronti dell'organismo con cui essi entrano in contatto e sono responsabili dei fenomeni di difesa immunitaria e del rigetto (vedi Trapianto).

Agiscono da antigeni anche tossine prodotte da vari organismi, come batteri, insetti, piante e rettili, e farmaci.

Spesso, soprattutto nel caso di antigeni di elevato peso molecolare, le molecole possono comprendere una parte proteica e una parte di natura chimica variabile, che viene detta aptene.

I recettori che rendono possibile il riconoscimento da parte dell'organismo degli antigeni costituiscono il cosiddetto complesso maggiore di istocompatibilità (MCH). Questo nell'uomo comprende da sei a dodici tipi di molecole, dette antigeni leucocitari umani (HLA), che si trovano su tutte le cellule dell'organismo. L'insieme degli HLA di ciascun tessuto lo caratterizzano e lo rendono differente da un analogo tessuto presente in un altro organismo: ciò viene indicato con il nome di tipizzazione del tessuto. Quando i linfociti T vengono a contatto con un agente o un tessuto in cui non vi è presenza delle stesse molecole di HLA, essi la riconoscono come estranea (non-self) e scatenano quindi la risposta del sistema immunitario. In condizioni patologiche, cellule dell'organismo stesso possono essere identificate come non-self dal complesso MCH, che innesca contro di esse la difesa immunitaria: in tal caso, si parla di malattie autoimmuni. L'esistenza del meccanismo di riconoscimento self, non-self fu chiarito dalle ricerche di Jean Dausset, George Snell e Baruj Benacerraf.