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I pipistrelli sono diffusi in tutto il mondo, salvo che nella zona artica e in talune isole oceaniche remote. Tutti i megachirotteri e alcune famiglie di microchirotteri sono confinati all’emisfero orientale; altri microchirotteri vivono in quello occidentale e alcune famiglie hanno una diffusione mondiale. Si pensa che i pipistrelli abbiano avuto origine in regioni dal clima mite, probabilmente al principio dell’Eocene (il più antico fossile di pipistrello, Icaronycteris index, viene fatto risalire a 60 milioni di anni fa). I membri di quattro famiglie, tutte appartenenti ai microchirotteri, vivono nelle regioni temperate, e il numero delle specie diminuisce spostandosi dall’equatore verso i poli. Solo due famiglie sono rappresentate nelle regioni subartiche, dove vivono solo d’estate.
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